Įvedant į organizmą bakterines ir virusines vakcinas, imuninės sistemos pakitimai turi dvi fazes: pirma – imuninė stimuliacija su limfocitų skaičiaus padidėjimu, o po 2-3 savaičių išsivysto imunodeficitas su aktyvumo sumažėjimu. Organizmas tampa jautrus infekcijai.

Skiepai gali paleisti autoimuninius susirgimus (diabetą, išsietinę sklerozę). Trumpai tariant, iškyla pavojus sveikiems žmonėms dėl norimo, bet negarantuoto rezultato ateityje, o sirgti povakcinaciniu laikotarpiu laikoma normaliu, nors imunodeficitas gali trukti 4-5 mėnesius.

Tačiau informacija apie sunkumus yra sunkiai prieinama, kas apsunkina sąmoningą žmonių pasirinkimą.

Vakcina yra antigenas, todėl skatina alerginės reakcijos išsivystymą.